Hovedforskjellen mellom synteny og kollinearitet er at synteny er den fysiske samlokaliseringen av genetiske steder på det samme kromosomet i arter, mens kollineariteten er den fysiske samlokaliseringen av genetiske steder på det samme kromosomet i forskjellige arter som bevarer samme rekkefølge.
Synteny og kollinearitet er to begreper som brukes om hverandre i genomikk. Begge begrepene beskriver genlokaliseringsmønstrene på kromosomer i forskjellige arter. Disse relaterte genarrangementene blant taxaene er verdifull informasjon når de utleder felles forfedre til gener. Synteny refererer til den fysiske samlokaliseringen av genetiske steder på det samme kromosomet hos arter. Kollinearitet refererer til den fysiske samlokaliseringen av genetiske steder på det samme kromosomet i forskjellige arter som bevarer samme rekkefølge. Derfor er det en form for syntese.
