Hovedforskjellen mellom synthon og syntetisk ekvivalent er at synthon er en del av en kjemisk forbindelse som kan dannes ved en kjent syntetisk prosess, mens syntetisk ekvivalent er et reagens som utfører funksjonen til et synthon.
Begrepene synthon og syntetisk ekvivalent kommer under grenen av retrosyntetisk analyse. Det er en teknikk som er nyttig for å løse problemene som oppstår under planleggingen av en organisk synteseprosess. I denne analyseteknikken må vi transformere et målmolekyl til en enkel struktur uten effekten av interaksjonen mellom et reagens. Noen ganger bruker vi begrepene synthon og syntetisk ekvivalent hver for seg, men de er to forskjellige komponenter.
