Hovedforskjellen mellom kongener og isomer er at kongeneren refererer til kjemiske forbindelser som har lignende strukturer og lignende egenskaper. I mellomtiden refererer isomer til molekyler med samme kjemiske formel, men forskjellige strukturer.
Betegnelsene kongener og isomer refererer til grupper av forbindelser som er gruppert i henhold til deres likheter. Begrepet kongener kan ha forskjellige definisjoner, men i kjemi bruker vi stort sett definisjonen som sier at kongenerer er kjemiske forbindelser som har lignende strukturer og lignende egenskaper. Isomerer, derimot, er forbindelser med forskjellige strukturer men lignende atomsammensetning; derfor har de også forskjellige egenskaper.
