Hovedforskjellen mellom ionepar og ionebyttekromatografi er at ioner i prøven i ionepar-kromatografi kan "pares" og skilles som ionepar, mens ioner i prøven i ionebyttekromatografi kan skilles som kationer og anioner hver for seg.
Kromatografi er en viktig teknikk som fører til separasjon av forskjellige komponenter i en blanding. Ionepar og ionebyttekromatografi er analytiske teknikker vi kan bruke til å skille ioner og polare molekyler i en blanding, basert på den elektriske ladningen de bærer med seg.