Hovedforskjellen mellom primære og sekundære metabolitter er at primære metabolitter er sluttproduktene av metabolismen som direkte deltar i normal vekst, utvikling og reproduksjon av en organisme mens sekundære metabolitter er metabolittene som ikke direkte deltar i normal vekst, utvikling og reproduksjon av en organisme.
Metabolitter deltar i veksten av organismer gjennom metabolismen. Metabolisme er summen av alle biokjemiske reaksjoner som forekommer i en organisme. Det er to hovedkategorier av metabolitter, avhengig av opprinnelse og funksjon. De er primære metabolitter og sekundære metabolitter.
