Hovedforskjellen mellom biokarbon og fossilt karbon er at biokarbon er en form for fornybart karbon som finnes i biologiske systemer som planter, dyr, mikroorganismer, jord og hav, mens fossilt karbon er en form for ikke-fornybart karbon som finnes i fossilt drivstoff.
Karbon er et makroelement som er tilstede i alle levende organismer og ikke-levende komponenter. Karbon sirkulerer gjennom litosfæren, atmosfæren og hydrosfæren for å opprettholde likevekt. Derfor eksisterer karbon i forskjellige former som gass, fast og flytende. Det viktigste karbonreservoaret er det atmosfæriske karbonet i form av karbondioksydgass. Utveksling av karbon opprettholder en naturlig likevekt. Men denne balansen har blitt forvrengt i stor grad på grunn av menneskelige aktiviteter. Biokarbon og fossilt karbon er de to hovedformene av karbon.