Hovedforskjellen mellom komplementering og rekombinasjon er at komplementering er evnen til to mutanter i kombinasjon til å gjenopprette en normal fenotype mens rekombinasjon er utveksling av genetisk materiale mellom kromosomer, noe som resulterer i fysiske endringer i kromosomer.
Komplementering og rekombinasjon er to begreper som produserer genetisk forskjellige organismer. Komplementering gjenoppretter den normale fenotypen når to mutanter kombineres mens rekombinasjon gir opphav til en organisme med endret genetisk sammensetning på grunn av utveksling av genetisk materiale mellom organismer.
