Hovedforskjellen mellom opsonisering og nøytralisering er avhengig av måten de utfører den immunologiske responsen på. Ved opsonisering er patogenene merket før de blir ødelagt, mens patogenen blir nøytralisert i nøytralisering.
Immunologiske responser kan være medfødte eller tilpasningsdyktige. Patogener har reseptorer for gjenkjenning av patogener, noe som gjør det lettere å bli identifisert av verten. I opsonisering produserer verten opsoniner. Imidlertid, i nøytralisering, produserer verten nøytraliserende antistoffer for å nøytralisere effekten av antistoff-antigenreaksjonen.
