Hovedforskjellen mellom bløtdyr og leddyr er at bløtdyr er myke hvirvelløse dyr med en eller to skjell mens leddyr er dyr med segmenterte kropper, parede vedheng og et eksoskelett.
Phylum Mollusca og Phylum Arthropoda er to hovedvirveldyrfyler som inkluderer det høyeste antallet artsmangfold enn noen phyla i dyreriket. På grunn av dette enorme mangfoldet, har folk vanskelig for å klassifisere dem under riktig phyla. Dermed analyserer denne artikkelen anatomien til hver og identifiserer strukturelle trekk, for å identifisere forskjellen mellom bløtdyr og leddyr.