Hovedforskjellen mellom homologi og likhet i bioinformatikk er at homologi refererer til en uttalelse om vanlig evolusjonær forfedre av to sekvenser, mens likhet refererer til graden av likhet mellom to sekvenser.
Bioinformatikk er et vitenskapsfelt som kombinerer biologi, informasjonsteknikk, informatikk, matematikk og statistikk for å analysere og tolke biologiske data. Homologi og likhet er to begreper vi bruker innen bioinformatikk. Vi kan enkelt beregne likheten i prosent av lignende rester over en gitt lengde på linjen. Vi kan imidlertid ikke beregne homologi siden det kan være sant eller usant og vanligvis avhenger av hypotesen som brukes.