Hovedforskjellen mellom søster- og ikke-søsterkromatider er at søsterkromatider er identiske og inneholder samme allel i samme lokus mens ikke-søsterkromatider ikke er identiske og inneholder forskjellige alleler av samme gen på samme sted.
De to typer kromatider som finnes i cellen som gjennomgår celledeling, er søsterkromatider og ikke-søster kromatider. Generelt dannes kromatider i tidlige stadier av celledeling. På den annen side dannes ikke-søster kromatider under metafase I av meiose. De er tilstede i det homologe kromosomparet på celleekvator mens søsterkromatider er til stede i det samme kromosomet. Videre forbinder kromosomets sentromer de to søsterkromatidene sammen.
