Hovedforskjellen mellom prokaryotisk og eukaryotisk DNA er at det prokaryotiske DNAet flyter fritt i cytoplasmaet mens det eukaryote DNAet befinner seg inne i kjernen.
Det er to hovedkategorier av levende organismer som prokaryoter og eukaryoter. De skiller seg fra hverandre etter deres mobilorganisasjon. Følgelig har prokaryoter en enkel mobilorganisasjon. De mangler en kjerne og membranbundne organeller. På den annen side har eukaryoter en kompleks mobilorganisasjon. De har en ekte kjerne som inneholder DNA og også membranbundne celleorganeller. Alle prokaryoter er encellulære, mens eukaryoter kan være encellede eller flercellede organismer. Prokaryoter og eukaryoter inneholder hovedsakelig DNA-genomer. Deres DNA er pakket i kromosomer. Siden prokaryoter ikke har en kjerne, flyter deres DNA fritt i cytoplasmaet. Imidlertid ligger kromosomer i eukaryoter inne i kjernen. Derfor omslutter kjernemembran alt eukaryotisk DNA.
