Hovedforskjellen mellom prokaryotisk og eukaryotisk genom er at det prokaryote genomet er tilstede i cytoplasmaet mens det eukaryote genomet begrenser seg i kjernen.
Genom refererer til hele samlingen av DNA fra en organisme. Med andre ord er genomet det genetiske materialet til en organisme som inneholder den totale genetiske informasjonen. Det meste av organismen har et genom laget av DNA. Noen genomer er imidlertid RNA-baserte. Som et eksempel har visse virus RNA-genomer. Når man vurderer det totale genetiske materialet til en organisme, inkluderer det ikke bare gener eller kodende sekvenser. Den inkluderer både gener og ikke-kodende DNA-sekvenser.
Siden genetisk informasjon ligger i genomet i form av gener, gjennomgår gener transkripsjon og translasjon for å produsere proteiner. Det er en forskjell mellom prokaryote og eukaryote genomuttrykkingsprosesser. Videre er lagring og replikering av begge genomene også forskjellige blant prokaryoter og eukaryoter. Men strukturen til DNA forblir den samme (Double Helix) i begge organismer. Hovedforskjellen mellom prokaryotisk og eukaryotisk genom går med organismenes cellulære organisering og hvor genomet befinner seg.
