Hovedforskjellen mellom eukaryote og prokaryote organismer er at de eukaryote organismer har en ekte kjerne og membranbundne organeller mens de prokaryote organismer mangler en kjerne og membranbundne organeller.
Alle levende organismer tilhører to kategorier, nemlig prokaryoter eller eukaryoter. Prokaryote organismer viser en enkel celleorganisasjon mens eukaryote organismer viser en kompleks celleorganisasjon. Videre er prokaryoter encellulære, og de mangler en kjerne og membranbundne organeller. På den annen side er eukaryoter generelt flercellede og inneholder en ekte kjerne og membranbundne organeller som kloroplaster, mitokondrier og endoplasmatisk retikulum, etc. Prokaryoter inkluderer bakterier og Archaea, mens eukaryoter inkluderer protister, sopp, planter og dyr. Annet enn de ovennevnte forskjellene, er det flere forskjeller mellom prokaryoter og eukaryoter. Derfor er det veldig viktig å forstå forskjellene mellom prokaryote og eukaryote organismer. Målet med denne artikkelen er å diskutere forskjellen mellom eukaryote og prokaryote organismer.