Hovedforskjellen mellom koenzym og kofaktor er at koenzymer er organiske molekyler, mens kofaktorene kan være enten organiske eller uorganiske molekyler.
Enzymer er essensielle biologiske makromolekyler. De er de biologiske katalysatorene, noe som øker hastigheten på biologiske reaksjoner under veldig milde forhold. Videre er enzymer proteiner; når de blir utsatt for et høyt nivå av varme, saltkonsentrasjoner, mekaniske krefter, organiske løsningsmidler og konsentrerte syre- eller baseløsninger, har de en tendens til å denaturisere. Noen ganger trenger enzymer støtte fra et annet molekyl eller et ion for å ha den spesifikke funksjonen. Koenzymer og kofaktorer er slike molekyler.
