Hovedforskjellen mellom bakterier og bakterier er at begrepet bakterie representerer alle typer mikroskopiske partikler, inkludert bakterier, sopp, protozoer, virus, etc., som kan gjøre oss syke mens bakterier er typer bakterier som er encellede prokaryote organismer.
Det er forskjellige typer sykdomsfremkallende mikroorganismer som bakterier, virus, protozoer, sopp, prioner, etc. som vi kaller bakterier. Bortsett fra disse mikrober, inkluderer bakterier også sykdomsfremkallende gjenstander som sporer, giftstoffer etc. Alle disse bakteriene er skadelige for oss på noen måte. Når man vurderer alle bakterier, er de fleste bakterier imidlertid ufarlige. Bare noen få forårsaker levende organismer sykdommer. Derfor utgjør denne lille andelen sykdomsfremkallende bakterier bakterier siden de er skadelige.