Hovedforskjellen mellom kimlinjemutasjon og somatisk mutasjon er at kimlinjemutasjonen arver til avkommet mens somatisk mutasjon ikke er iboende for avkommet.
DNA er arvematerialet til de fleste levende organismer. Mutasjon er en permanent endring av nukleotidsekvensen til et DNA-fragment eller et gen. Ulike typer mutasjoner forekommer i levende organismer. Blant dem er somatiske mutasjoner og kimlinjemutasjoner to hovedtyper. Somatiske mutasjoner forekommer i enkeltkroppsceller mens kimlinjemutasjoner forekommer i kjønnsceller. Når somatisk mutasjon finner sted i en enkelt kroppscelle, påvirker den bare vevet som kommer fra den muterte cellen. I motsetning til det påvirker alle kroppens celler når kimlinjemutasjonen finner sted. Den største forskjellen mellom kimlinjemutasjon og somatisk mutasjon er muligheten for at disse mutasjonene overføres til avkommet eller ikke.