Hovedforskjellen mellom stille og nøytral mutasjon er at stille mutasjon er en spesifikk type nøytral mutasjon som ikke har en observerbar effekt på organismenes fenotype mens nøytral mutasjon er en endring i DNA-sekvensen som verken er gunstig eller skadelig for evnen til en organisme for å overleve og reprodusere.
En mutasjon er en endring som oppstår i DNA-nukleotidsekvensen. Mutasjon kan finne sted på grunn av miljøfaktorer som sigarettrøyk og UV-lys eller på grunn av virusangrep, sterke kjemikalier osv. Mutasjoner i kimcellecellene går inn i de neste generasjonene mens mutasjoner i ikke-kimcellene (somatiske mutasjoner) ikke passerer inn i de neste generasjonene, og de vil påvirke en enkelt organisms overlevelse. Stille mutasjoner resulterer ikke i endringer i aminosyresekvensen til det kodede proteinet. Nøytrale mutasjoner forårsaker ikke en observerbar effekt på organismenes fenotype.
