Hovedforskjellen mellom indre og ytre respirasjon er at den indre respirasjonen refererer til settet av metabolske reaksjoner som oppstår i cellene for å produsere energi via oksidasjon av glukose og andre organiske molekyler mens ekstern respirasjon refererer til prosessen med å flytte oksygen fra det eksterne miljøet til cellene og flytte karbondioksid fra kroppen til det ytre miljøet.
Når du hører begrepet respirasjon, kan det minne deg om prosessen som kalles puste. Det er prosessen med å puste inn og puste ut luft. Imidlertid, bortsett fra denne prosessen, er det en annen respirasjonsprosess som forekommer inne i organismenes celler. Det er prosessen som kalles cellulær respirasjon. Derfor blir disse to prosessene, pust og cellulær respirasjon, betegnet som henholdsvis ekstern respirasjon og indre respirasjon. Det er forskjeller mellom intern og ekstern respirasjon i mange aspekter. Ikke desto mindre er indre og ytre respirasjon relatert til hverandre, siden den indre respirasjonen bruker oksygenet som kommer gjennom ekstern respirasjon, og ekstern respirasjon fjerner karbondioksid; et biprodukt av den indre respirasjonen.