Hovedforskjellen mellom kjemisk og organisk evolusjon er at den kjemiske evolusjonen skjer på grunn av endringer i strukturen til molekylene; fra komplekse molekyler til enkle molekyler med tiden, mens den organiske evolusjonen skjer på grunn av endringene i den genetiske sammensetningen av populasjoner av organismer som svar på miljøendringer.
Forskjellen mellom kjemisk og organisk evolusjon kan enkelt beskrives basert på det aspektet som endres under jordens evolusjon. Under kjemisk evolusjon utsettes biomolekylene for endringer i forskjellige stadier som øker kompleksiteten til biomolekyler. Under den organiske evolusjonen endres individuelle arter gradvis i generasjon etter generasjon. Kjemisk evolusjon ble til før organisk evolusjon.
