Hovedforskjellen mellom motiv og domene er at motivet ikke er uavhengig stabilt mens domenet er uavhengig stabilt.
Proteiner er viktige biologiske makromolekyler som er tilstede i kroppen vår. På den annen side vil den genetiske koden til et gen avgjøre aminosyresekvensen til et protein. Videre har proteiner primære, sekundære og tertiære strukturer. Den primære strukturen er aminosyresekvensen til polypeptidkjeden. Når polypeptidkjeder brettes med hverandre, danner det den sekundære strukturen til proteinet. Alpha-helikser, beta-ark og supersekundære strukturer hører til de sekundære strukturene. Visse grupperinger av super-sekundære elementer er kjent som proteinmotiver. Den tertiære strukturen til et protein refererer til dens tredimensjonale struktur som bestemmer funksjonen til proteinet. Domain er en brettet del av et proteinmolekyl, som er kuleformet og har en diskret funksjon. Det er den grunnleggende funksjonelle og tredimensjonale strukturen til proteinet.
