Hovedforskjellen mellom komplementære og supplerende gener er at komplementære gener krever tilstedeværelse av hvert gen for å uttrykke egenskapen, mens bare ett gen av de to supplerende gener krever tilstedeværelse av det andre genet når det uttrykker egenskapen.
Gener samhandler med hverandre når de produserer en egenskap hos et individ. Disse interaksjonene er komplekse og trenger en grundig analyse for å forstå hvordan de fungerer sammen, og hvordan tilstedeværelsen av genene påvirker uttrykket av egenskaper. Komplementære og supplerende gener er to slike gener som samhandler med hverandre når de produserer en egenskap. De viser epistatiske geninteraksjoner, noe som betyr at effekten av et gen er avhengig av tilstedeværelsen av det andre genet.
