Hovedforskjellen mellom Whatman filterpapir og normalt filterpapir er at Whatman filterpapir er egnet for kvalitativ analyse, mens de normale filterpapirene er egnet for både kvalitativ og kvantitativ analyse.
Filtrering er en teknikk for å skille forskjellige komponenter i en blanding. Vi kan bruke filterpapir til denne separasjonen. Derfor bruker vi den som en barriere som er vinkelrett på enten en væskestrøm eller luftstrøm. Dermed er disse filterpapirene nyttige for kvalitativ eller kvantitativ analyse. Whatman filterpapir er spesifikk for kvalitativ analyse.