Hovedforskjellen mellom tardiv dyskinesi og dystoni er at tardiv dyskinesi alltid er sekundær til langvarig bruk av nevroleptika, men dystoni kan skyldes forskjellige andre årsaker. Videre er dystoni den unormale muskeltonen som resulterer i muskelspasmer eller unormale stillinger. Mens tardiv dyskinesi refererer til ukontrollerbar munnhule og leppeknipende grimaser som utvikler seg etter langvarig bruk av nevroleptika.
Begge disse tilstandene er unormale bevegelsesforstyrrelser; dystonier inkluderer en rekke bevegelsesforstyrrelser som oppstår på grunn av forskjellige årsaker, mens tardiv dyskinesi bare er en undergruppe av primære dystonier.