Hovedforskjellen mellom MS og borreliose er at borreliose er en smittsom sykdom, mens MS ikke er en inflammatorisk sykdom uten smittsom opprinnelse. Multiple sklerose er altså en kronisk autoimmun, T-celleformidlet inflammatorisk sykdom som påvirker sentralnervesystemet. Lyme sykdom, derimot, er forårsaket av en spirochete som heter Borrelia burgdoferi som kommer inn i menneskekroppen gjennom bitt av lus eller flått.
Både multippel sklerose og Lyme sykdom er sykdommer som kan påvirke vårt nevrologiske system.