Hovedforskjellen mellom aerobe og anaerobe mikroorganismer er kravet til oksygen for de overlevende aerobe mikroorganismer mens det ikke er for de anaerobe mikroorganismer. Det vil si at de aerobe mikroorganismer krever oksygen som deres endelige elektronakseptor under den aerobe respirasjonen, mens anaerobe mikroorganismer ikke krever oksygen for deres cellulære respirasjon.
Responsen på oksygen er grunnlaget for klassifisering av mikroorganismer som aerobe og anaerobe. På grunn av dette har disse mikroorganismene forskjellige egenskaper for å utføre sine funksjoner under cellulær respirasjon. Derfor gjennomgår aerobe mikrober aerob respirasjon, mens anaerobe mikrober gjennomgår anaerob respirasjon.
