Hovedforskjellen mellom aerobe og anaerobe muskler er at de aerobe musklene krever oksygen for sine funksjoner, mens de anaerobe musklene ikke krever oksygen for å fungere.
Muskler er de viktigste komponentene som involveres i bevegelsene våre. Videre hjelper de med å opprettholde kroppsformen. Muskler er i stand til å respondere både aerobt og anaerobt. Derfor gjennomgår muskler funksjoner i nærvær og fravær av oksygen. Basert på det, er det to muskler, nemlig aerobe og anaerobe muskler. Aerobe muskler krever oksygen for cellulær respirasjon. Med andre ord er disse musklene avhengige av oksygen for energiproduksjon. Derfor er mitokondrier til stede i stort antall. På den annen side krever anaerobe muskler ikke oksygen for generering av energi. De har mitokondriefragmenter eller enzymene som kreves for anaerob respirasjon. Derfor er de ikke avhengige av oksygen. Dermed er hovedforskjellen mellom aerobe og anaerobe muskler kravet til oksygen.
