Nøkkelforskjell - RAPD vs RFLP
Genetiske markører brukes i molekylærbiologi for å identifisere genetiske variasjoner mellom individer og arter. Random Amplified Polymorphic DNA (RAPD) og Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) er to viktige molekylære markører som rutinemessig brukes i laboratorier. RAPD utføres med korte og vilkårlige oligonukleotidprimere, og den er basert på den tilfeldige forsterkningen av flere steder i hele malen DNA til organismen. RFLP utføres med en spesifikk restriksjonsendonuklease, og den er basert på polymorfismen av resulterte restriksjonsfragmenter og hybridisering. Hovedforskjellen mellom RAPL og RFLP er at RAPD er en type PCR-teknikk utført uten tidligere sekvens kunnskap, mens RFLP ikke er involvert i PCR og krever tidligere sekvens kunnskap for å utføre teknikken.
INNHOLD
1. Oversikt og nøkkelforskjell
2. Hva er RAPD
3. Hva er RFLP
4. Sammenligning side om side - RAPD vs RFLP
5. Sammendrag
Hva er RAPD?
RAPD er en nyttig molekylær markør i molekylærbiologi. Det er en rask og enkel teknikk. RAPD kan defineres som en metode som resulterer i polymorfe DNA-sekvenser som et resultat av tilfeldig amplifisering av flere lokasjoner av mål-DNA-malen. RAPD bruker korte oligonukleotidprimere med vilkårlige sekvenser for PCR-amplifikasjon. Primere syntetiseres kunstig uten forutgående kunnskap om sekvensen. Derfor blir det ansett som en enkel og nyttig teknikk.
Følgende hovedtrinn er involvert i RAPD.
- Ekstraksjon av mål-DNA
- Forsterkning av flere steder av mål-DNA ved hjelp av tilfeldig valgte primere
- Gelelektroforese av de amplifiserte PCR-produktene
- Farging med etidiumbromid og identifikasjon av polymorfismen
Som et resultat av variasjonen i primer annealing, genereres forskjellige fragmenter med forskjellige lengder under amplifiseringen. Derfor er båndmønstre på gelene forskjellige blant individer og arter. Dermed muliggjør RAPD påvisning av genetisk variasjon blant organismer i identifikasjon og differensiering.
RAPD brukes i forskjellige studier av molekylærbiologi, slik som identifisering av den genetiske forskjellen mellom nært beslektede arter, genkartlegging, DNA-fingeravtrykk, identifisering av arvelige sykdommer, etc.
Figur 01: RAPD
Hva er RFLP?
Restriksjonsfragmentlengde Polymorfismer (RFLPs) er en molekylær markør som brukes i molekylærbiologi for identifisering av genetisk variasjon i homologe DNA-sekvenser. Det er den første genetiske markøren som er utviklet for DNA-fingeravtrykk. Alle organismer produserer unike DNA-profiler når de er begrenset med spesifikke restriksjonsenzymer. RFLP fungerer som et viktig verktøy for å produsere unike DNA-profiler for individer og påvisning av genetisk variasjon blant dem. Når DNA-prøver blir fordøyd med spesifikke restriksjonsendonukleaser, gir det forskjellige DNA-profiler som er unike for hver enkelt. Derfor er prinsippet med denne metoden påvisning av genetisk variasjon blant organismer ved å begrense homologt DNA med spesifikke restriksjonsenzymer og analyse av fragmentlengden polymorfisme via gelelektroforese og blotting. Blottingmønstre er unike for hver organisme og karakteriserer de spesifikke genotypene.
Følgende trinn er involvert i RFLP.
- Isolering av tilstrekkelig mengde DNA fra prøver
- Fragmentering av DNA-prøvene med spesifikke restriksjonsendonukleaser i kort sekvens
- Separasjon av de resulterende fragmentene med forskjellige lengder ved agarosegelelektroforese.
- Overføring av gelprofilen til en membran ved Southern blotting
- Hybridisering av membranen med merkede prober og analyse av fragmentlengden polymorfisme i hver profil
RFLP har forskjellige applikasjoner som diagnose av arvesykdommer, genomkartlegging, kriminell identifikasjon i rettsmedisinske studier, farskapstesting, etc.
Figur 02: RFLP genotyping
Hva er forskjellen mellom RAPD og RFLP?
Diff Article Middle before Table
RAPD vs RFLP |
|
| RAPD er en molekylær markør basert på tilfeldige primere og PCR. | RFLP er en molekylær markør basert på produksjon av fragmenter med forskjellige lengdebegrensninger. |
| Nødvendig prøve | |
| Små DNA-prøver er nok for RAPD-analysen. | Det kreves en stor mengde ekstrahert DNA-prøve for RFLP-analyse. |
| Tid | |
| RAPD er en rask prosess. | RFLP er en tidkrevende prosess. |
| Primer Bruk | |
| Tilfeldige primere brukes og samme primere kan brukes til forskjellige arter. | Artspesifikke sonder brukes i RFLP for hybridisering. |
| Pålitelighet | |
| Påliteligheten til teknikken er mindre sammenlignet med RFLP. | RFLP er en pålitelig teknikk. |
| Blotting | |
| RAPD innebærer sørlig blotting. | Southern blotting er et trinn i RFLP. |
| Påvisning av allelvariasjon | |
| Alleliske variasjoner kan ikke oppdages av RAPD. | Alliske variasjoner kan oppdages ved RFLP. |
| Behov for sekvens kunnskap | |
| RAPD krever ikke tidligere sekvens kunnskap. | Forutgående sekvens kunnskap er nødvendig for sondedesign. |
| PCR | |
| PCR er involvert i RAPD | PCR er ikke involvert i RFLP. |
| Reproduserbarhet | |
| RAPD har lav reproduserbarhet | RFLP har høy reproduserbarhet sammenlignet med RAPD. |
Sammendrag - RAPD vs RFLP
RAPD og RFLP er viktige markører som brukes i molekylærbiologi. Begge metodene er i stand til å oppdage genetisk variasjon blant organismer. RAPD utføres ved hjelp av tilfeldige primere. RFLP utføres ved bruk av spesifikke restriksjonsenzymer. Begge metodene produserer DNA-profiler som er unike for individuelle organismer. RAPD er involvert sammenlignbart få trinn enn RFLP. Men det gir mindre pålitelige og reproduserbare resultater enn RFLP. Dette er hovedforskjellen mellom RAPD og RFLP.
