Nøkkelforskjell - AFLP vs RFLP
DNA-studier har en enorm betydning for å forstå og bestemme fylogenetiske sammenhenger, diagnostisere genetiske sykdommer og kartlegge organismens genomer. Flere teknikker assosiert med DNA-analyse blir også brukt for identifisering av et bestemt gen eller en DNA-sekvens i en pool av ukjent DNA. De er kjent som molekylære markører. Amplified Fragment Length Polymorphism (AFLP) og Restriction Fragment Length Polymorphism (RFLP) er to slike molekylære markører (metoder) utviklet i molekylærbiologi for å oppdage genetisk variasjon mellom organismer. Begge metodene er like viktige og har fordeler og ulemper. Hovedforskjellen mellom AFLP og RFLP er at AFLP involverer selektiv PCR-amplifikasjon av fordøyd DNA mens RFLP ikke involverer selektiv PCR-amplifikasjon av DNA-fragmentene.
INNHOLD
1. Oversikt og nøkkelforskjell
2. Hva er AFLP
3. Hva er RFLP
4. Sammenligning side om side - AFLP vs RFLP
5. Sammendrag
Hva er AFLP?
AFLP (Amplified Fragment Length Polymorphism) er et viktig verktøy i molekylærbiologi og brukes mye i genetisk variasjonsanalyse. AFLP er basert på den spesifikke PCR-amplifikasjonen av fragmentert genomisk DNA og påvisning av polymorfismen ved autoradiografier via gelelektroforese. AFLP bidrar mye til å identifisere genetiske forskjeller i stammer eller nært beslektede arter av forskjellige riker, inkludert planter, dyr, bakterier og sopp. AFLP kan utføres med små mengder ukjente DNA-prøver. Det krever ikke forutgående sekvenskunnskap og utforming av sonder.
Fremgangsmåte for AFLP
- Isolering av DNA
- Fordøyelse av DNA med restriksjonsendonukleaser
- Ligering av de begrensede DNA-fragmentene med adaptere
- Selektiv forsterkning av fragmentene med spesifikke restriksjonsseter
- Separasjon av PCR-produktene ved gelelektroforese
- Visualisering av gelmatrisen ved hjelp av autoradiograph
AFLP er en mer sensitiv og reproduserbar metode som kan brukes i DNA-profilering av flere taxa inkludert sopp, bakterier, planter og dyr uten forkunnskap om DNA-sekvenser. Det hjelper med å identifisere små forskjeller mellom individer i populasjoner på grunn av sin svært følsomme natur. AFLP er også viktig i genomkartlegging, rettsmedisinske studier, foreldretesting, genotyping osv.
Figur 01: AFLP
Hva er RFLP?
Restriction Fragment Length Polymorphisms (RFLPs) er en teknikk som brukes til å oppdage de genetiske variasjonene i homologe DNA-sekvenser. Det er den første metoden utviklet for DNA-profilering. Organismer har unike DNA-fingeravtrykk eller DNA-profiler. RFLP fungerer som et viktig verktøy for å analysere variasjonen mellom DNA-profiler for intraspesifikke eller nært beslektede organismer, siden homologe sekvenser har forskjellige restriksjonsseter (steder) som er unike for en bestemt organisme. Når homologt DNA fordøyes med spesifikke restriksjonsendonukleaser, vil det resultere i forskjellige DNA-profiler som er unike for hver enkelt. Derfor,det viktigste med denne metoden er påvisning av genetisk variasjon blant organismer ved å begrense homologt DNA med spesifikke restriksjonsenzymer og analyse av fragmentlengden polymorfisme via gelelektroforese og blotting. Blottingmønstre er unike for hver organisme og karakteriserer de spesifikke genotypene.
Trinn for RFLP
- Isolering av tilstrekkelig mengde DNA fra prøver
- Fragmentering av DNA-prøvene med spesifikke restriksjonsendonukleaser i kort sekvens
- Separasjon av de resulterende fragmentene med forskjellige lengder ved agarosegelelektroforese.
- Overføring av gelprofilen til en membran ved Southern blotting
- Hybridisering av membranen med merkede prober og analyse av fragmentlengden polymorfisme i hver profil
RFLP er en veldig viktig teknikk for å oppdage sykdomsarv og finne risikoen for sykdomsforekomsten blant familiemedlemmer. RFLP brukes også ofte i genomkartlegging, identifisering av kriminelle i rettsmedisin, farskapstesting osv. RFLP har også flere begrensninger. RFLP krever forkunnskap om sekvensdata for å designe sonder for hybridisering. Det krever også isolering av tilstrekkelig mengde DNA fra prøven for å analysere, noe som er vanskelig i rettsmedisinske studier.
Figur 01: RRFLP-kartlegging
Hva er forskjellen mellom AFLP og RFLP?
Diff Article Middle before Table
ALFP mot RFLP |
|
| AFLP involverer selektiv PCR-amplifikasjon av fordøyd DNA. | RFLP involverer ikke PCR med mindre det er PCR-RFLP. |
| Sekvens Kunnskap | |
| Forutgående sekvens kunnskap er ikke nødvendig. | Forutgående sekvenskunnskap er nødvendig for utformede RFLP-sonder. |
| Pålitelighet | |
| Dette er mer pålitelig. | Dette er mindre pålitelig sammenlignet med AFLP. |
| Effektivitet i å oppdage polymorfisme | |
| Dette har en høyere effektivitet i å oppdage polymorfisme enn RFLP. | Dette er mindre effektivt sammenlignet med AFLP. |
| Koste | |
| Dette er litt dyrt sammenlignet med RFLP. | Dette er billigere sammenlignet med AFLP. |
| applikasjoner | |
| AFLPs har blitt brukt på genomkartlegging, DNA-fingeravtrykk, studier av genetisk mangfold, farskapstesting og rettsmedisin | RFLP-analyse er et viktig verktøy i genomkartlegging, lokalisering av gener for genetiske lidelser, bestemmelse av risiko for sykdom og farskapstesting. |
Sammendrag - AFLP vs RFLP
AFLP og RFLP er to teknikker som brukes som genetiske markører for evaluering av mangfold og vurdering av genetiske forhold i molekylærbiologi. AFLP fungerer som en effektiv og sensitiv metode for påvisning av genetisk polymorfisme mellom organismer enn RFLP. Imidlertid, selv om begge disse metodene har forskjellig effektivitet i å oppdage genetiske variasjoner, brukes de fortsatt til DNA-fingeravtrykk og sykdomsdiagnose.
