Agarose vs polyakrylamid
Agarose og polyakrylamid er begge vannløselige polymerer, men mellom dem kan det sees mange forskjeller med utgangspunkt i opprinnelsen. Både agarose og polyakrylamid har noe vanlig i deres evne til å danne porøse gelmatriser. Til tross for dette eksisterer det en rekke forskjellige forskjeller mellom de to. De største forskjellene mellom begge disse polymerene ligger i deres opprinnelsesart, kjemiske struktur, deres forskjellige bruksområder og deres ytelse når det gjelder gelelektroforese.
Hva er Agarose?
Agarose er en naturlig forekommende lineær polymer som igjen er avledet av en kompleks polymer som kalles agar som finnes i tang. Agarose ekstraheres fra agar ved fjerning av proteinkomponenten kalt agaropektin. Agarose er det som gir agar sin evne til å danne geler.
Den største bruken av agarose er i mikrobiologiske og molekylærbiologiske studier. I mikrobiologiske studier gir agarose, når det er supplert med egnede næringsstoffer, en solid base for å dyrke mikroorganismer som bakterier og sopp. Når det brukes i halvfaste konsentrasjoner, kan det være nyttig for å vurdere motiliteten til disse mikroorganismene. I molekylærbiologi fungerer det som et viktig verktøy for en av de mest grunnleggende oppløsningsprosessene som kalles 'gelelektroforese' eller 'agarosegelelektroforese' (AGE). Gelelektroforese er en prosess som muliggjør oppløsning eller separasjon av nukleinsyrer eller protein basert på størrelse og ladning. Her fungerer agarose som en porøs sillignende gel som separasjon skjer gjennom.
Agarose struktur
Hva er polyakrylamid?
Polyakrylamid er en syntetisk polymer og brukes i en rekke næringer. Som tidligere nevnt er bruken avhengig av dens evne til å danne geler. I tillegg til dette utnyttes evnen til å beholde og tømme vann i forskjellige konsentrasjoner også i forskjellige bransjer.
Den mest utbredte og vanligste bruken av polyakrylamid er i avløpsvannbehandling. Her brukes den som flokkuleringsmiddel for å fjerne eventuelt suspendert organisk materiale; dermed forbedrer turbiditet og klargjør vannet. En annen bruk av polyakrylamid er i papirindustrien. Her brukes den til å enten beholde eller tømme vann fra papirmassen etter behov. På samme måte, i landbruks- og anleggsindustrien, brukes det som en jordbalsam for å forhindre jorderosjon og forbedre kvaliteten.
Som agarose, brukes også polyakrylamid i molekylærbiologi som et viktig oppløsningsverktøy i en lignende prosess som kalles 'Polyakrylamidgelelektroforese' (PAGE). I tillegg til alt dette blir polyakrylamid også brukt i malmbearbeiding og produksjon av flokkuleringsmiddel for å fjerne eventuelt suspendert organisk materiale; dermed forbedrer turbiditet og klargjør vannet. En annen bruk av polyakrylamid er i papirindustrien. Her brukes den til enten å beholde eller tømme vann fra papirmassen etter behov. På samme måte, i landbruks- og anleggsindustrien, brukes den som et balsam for å forhindre jorderosjon og forbedre kvaliteten. I tillegg til alt dette brukes polyakrylamid også til produksjon av tilsetningsstoffer, myke kontaktlinser og tekstiler.
Polyakrylamidstruktur
Hva er forskjellen mellom agarose og polyakrylamid?
Opprinnelse til agarose og polyakrylamid:
Agarose: Agarose er en polymer av naturlig opprinnelse. Den er avledet fra tang.
Polyakrylamid: Polyakrylamid er av syntetisk opprinnelse og finnes ikke under noen naturlig omstendighet.
Molekylær formel av agarose og polyakrylamid:
Agarose: Molekylformelen til agarose er C 24 H 38 O 19.
Polyakrylamid: Molekylformelen til polyakrylamid er (C 3 H 5 NO) n.
Kjemisk struktur av agarose og polyakrylamid:
Agarose: Agarose er et lineært polysakkarid. Den består av gjentatte disakkaridenheter kalt agrobiose holdt sammen av hydrogenbindinger.
Polyakrylamid: Polyakrylamid er en kjemisk tverrbundet polymer. Den består av akrylamidmonomerer og et tverrbindingsmiddel N, N'-metylenbisakrylamid.
Toksisitet av agarose og polyakrylamid:
Agarose: Både agarose og dens monomerenhet agrobiose er giftfri i naturen.
Polyakrylamid: Monomerenheten av polyakrylamid, akrylamidet, er et antatt kreftfremkallende middel og kjent nevrotoksin mens det er polymerisert form er ikke giftig i naturen.
Kjennetegn ved agarose- og polyakrylamidgeler:
ALDER og SIDE:
Agarose: Agarose gelpreparat for AGE er mindre tidkrevende, enkelt og enkelt, og krever ingen initiator eller polymeriseringskatalysator.
Polyakrylamid: Polyakrylamidgelpreparat for PAGE er tidkrevende og kjedelig og krever også en initiator (ammoniumpersulfat) og en polymeriserende katalysator (N, N, N ', N'-tetrametyletylendiamin - TEMED).
Natur:
Polyakrylamidgeler er kjemisk mer stabile enn agarosegeler.
Porestørrelse:
Gitt den samme konsentrasjonen har polyakrylamidgelmatriser en tendens til å ha mindre porestørrelser sammenlignet med en agarosegelmatrise.
Endring av porestørrelse:
Porestørrelsen på polyakrylamidgeler kan endres på en mer kontrollert måte enn for agarosegeler.
Løser kraft:
Polyakrylamidgeler har høy oppløsningsevne mens agarosegel har lav oppløsningsevne.
Plass til nukleinsyre:
Polyakrylamidgeler har plass til større mengder nukleinsyre enn agarosegel for oppløsningsmiddel.
Bilder med tillatelse: Agarose og struktur av polyakrylamid via Wikicommons (Public Domain)
