Hovedforskjellen mellom strukturell og funksjonell genomikk er at strukturell genomikk er studiet av genomers fysiske natur, inkludert sekvensering og kartlegging av genomer mens funksjonell genomikk er studiet av genomets uttrykk og funksjon.
Genomics er et felt av biologi som gjelder struktur, organisering, funksjon, evolusjon og kartlegging av genomer til levende organismer. Det inkluderer også sekvensering av genomer, bestemmelse av hele settet med proteiner kodet av en organisme, og funksjonen av gener og metabolske veier i en organisme. Med enkle ord er genomikk den store studien av en gruppe gener. Derfor utføres studiene på genomets nivå. Strukturell genomikk og funksjonell genomikk er de to hovedgrenene i genomikk. Strukturell genomikk fokuserer på karakteriseringen og gir en plassering til hele settet med gener i et genom. I motsetning til dette fokuserer funksjonell genomikk på funksjonen og egenskapen.
