Hovedforskjellen mellom Klenow-fragment og DNA-polymerase 1 er at Klenow-fragmentet er en stor del av DNA-polymerase 1 som mangler 5 'til 3' exonukleaseaktivitet mens DNA-polymerase er et enzym av E. coli som har alle tre domenene inkludert 5 'til 3 ′ eksonukleaseaktivitet.
DNA-polymerase er et av nøkkelenzymene som er involvert i DNA-replikasjon i levende organismer. Det finnes forskjellige former for DNA-polymeraseenzym som finnes i eukaryoter og prokaryoter basert på størrelse og form. DNA-polymerase 1, 2 og 3 finnes bare i prokaryote organismer, og de spiller forskjellige roller i DNA-replikasjon. DNA-polymerase 1 har tre domener med 5 'til 3' polymerase, 3 'til 5' eksonukleaseaktivitet og 5 'til 3' eksonukleaseaktivitet. Klenow-fragment er et proteolytisk produkt av DNA-polymerase 1. Det har 5 til 3 'polymerase og 3' til 5 'exonukleaseaktiviteter av intakt DNA-polymerase 1, men det mangler 5' til 3 'exonukleaseaktivitet.