Hovedforskjellen mellom energistrøm og stoffsykling er at energistrømmen viser energioverføringen fra ett trofisk nivå til neste trofiske nivå i næringskjeder, mens stoffsykling viser strømmen eller syklingen av elementer gjennom de levende og ikke-levende delene av økosystemene.
Energi strømmer i et økosystem gjennom næringskjeder. På samme måte sykler elementer gjennom forskjellige deler av jorden. Sol er energikilden til de fleste økosystemer. Primærprodusenter fikser sollysets energi i karbohydrater. Forbrukere, spesielt planteetere, spiser mat produsert av produsentene. Da er rovdyr og altetende avhengig av planteetere. Likeledes strømmer energi gjennom forskjellige trofiske nivåer. Samtidig resirkulerer materie via forskjellige prosesser. Faktisk beveger både energi og materie seg fra en organisme til en annen i næringskjeder.
