Hovedforskjellen mellom første og andre messenger-system er at første messenger-system refererer til de ekstracellulære signalmolekylene mens det andre messenger-systemet refererer til de intracellulære signalmolekylene.
Første og andre messenger-systemer består av forskjellige typer signalmolekyler. Første budbringere er ekstracellulære molekyler, ofte hormoner eller nevrotransmittere. I motsetning er andre budbringere intracellulære molekyler som overfører signaler fra cellemembranreseptorer til mål i cellen. Cellesignaliseringsprosessen starter når signalmolekylet (ligand) binder seg til reseptoren til en celle. Denne bindingen endrer det intracellulære domenet til reseptoren, som utløser intracellulær signalveier.
