Hovedforskjellen mellom O- og H-antigen er at O-antigen er den ytterste delen av bakteriens overflatedekning, mens H-antigen er den slanke trådlignende strukturen som er en del av flagellen.
Antigener er molekylære gjenkjenningssteder som er tilstede i mange bakterier, sopp, virus, støvpartikler og andre cellulære og ikke-cellulære partikler som kan gjenkjennes av vertsimmunsystemet. Generelt er de fleste antigener til stede på celleoverflaten. Strukturelt kan antigener være proteiner, aminosyrer, lipider, glykolipider eller glykoproteiner eller nukleinsyremarkører. Disse molekylene har en spesifikk evne til å få til en immunrespons i verten. Denne immunresponsen oppnås ved å utløse produksjonen av antistoffer som et tilsvarende resultat.
Antigener brukes vanligvis i serotypeidentifikasjonssystem for bakteriene. Salmonella er en bakteriell slekt som har mange serotyper. Serotyper er grupper av mikroorganismer innen samme art. Disse serotypene kan skilles ut ved å bruke kombinasjonen av O-antigen og H-antigen. O-antigen er en LPS-sidekjede mens H-antigen er en del av flagellen.
