Hovedforskjellen mellom antigen og fasevariasjon er at antigen variasjon er mekanismen som refererer til ekspresjon av antigenisk forskjellige proteiner, karbohydrat eller lipider på overflatene mens fasevariasjon er den høyfrekvente reversible på og av-bryteren av fenotypeuttrykk.
Antigen og fasevariasjon er to typer molekylære mekanismer som brukes av patogener for å unngå vertsimmunresponser. De er i slekt med hverandre. Disse mekanismene lar mikrober, spesielt bakterier, tilpasse seg mer enn ett miljø. Som et resultat av fase- og antigenvariasjon dannes en heterogen fenotype av en klonal bakteriepopulasjon. I denne populasjonen uttrykker individuelle celler fase variable proteiner eller en av de flere antigene former av proteinet. Disse variasjonene er hovedsakelig virulensstrategier utført av patogener.
