Hovedforskjellen mellom antigen og patogen er at antigen er et fremmed stoff, toksin eller et molekyl som kan stimulere en immunrespons for å produsere antistoffer mot det mens patogen er en organisme, spesielt en mikrobe, som infiserer kroppen vår og forårsaker sykdommer.
Patogener er fremmede organismer som forårsaker sykdommer i vertsplanter og dyr. Et antigen er et molekyl som ligger i celleveggen til bakterier eller belegget av organismer. Antigen får immunforsvaret vårt til å produsere antistoffer mot det og beskytte kroppen vår mot skadelige fremmede organismer.
