Hovedforskjellen mellom V-type og F-type ATPase er at V-type ATPase fungerer som en ATP-drevet ionepumpe mens F-type ATPase fungerer som ATP-syntase i celler.
ATPase er et begrep som refererer til enzymer som er i stand til å hydrolysere ATP. Generelt dekomponerer ATPases ATP, og energien som frigjøres under reaksjonen blir brukt til å utføre arbeid siden ATP er energivalutaen som gir energi til de fleste cellulære prosesser. ATP-sammenbrudd trenger ATPases. Derfor senker ATPases aktiveringsenergien til ATP-hydrolyse. Det er fire hovedtyper av ATPaser som F-ATPases, V-ATPases, A-ATPases og P-ATPases. V-type ATPaser finnes primært i eukaryote cellevakuoler. I kontrast er F-type ATPaser funnet i bakterielle plasmamembraner, mitokondriens indre membran og kloroplaster. De katalyserer hydrolysen eller syntesen av ATP-kobling med H + (eller Na +) -transport over en membran.
