Hovedforskjellen mellom eplesyre og maleinsyre er at eplesyre er en mettet dikarboksylsyre, mens maleinsyre er en umettet dikarboksylsyre.
Malinsyre og maleinsyre er dikarboksylsyrer. Dette betyr at disse forbindelsene inneholder to karboksylgrupper (-COOH) i samme molekyl, festet til to forskjellige karbonatomer. Forskjellen mellom eplesyre og maleinsyre ligger på metningen (tilstedeværelse av dobbelt- eller trippelbindinger betyr umettethet). Siden maleinsyre har en dobbeltbinding mellom to karbonatomer, er det en umettet forbindelse. Men det er ingen dobbelt- eller trippelbindinger mellom karbonatomer av eplesyre.
