Hovedforskjellen mellom differensiering og morfogenese er at differensiering beskriver hvordan celler blir spesialiserte for å utføre unike funksjoner, mens morfogenese beskriver utviklingen av former for levende organismer.
Flercellede organismer begynner livet fra en celle, enten danner en spore eller en zygote. Derfor er celledifferensiering og morfogenese to forskjellige og store prosesser som oppstår under utviklingen av en flercellet organisme. Differensiering er prosessen med å danne forskjellige spesialiserte celletyper. Det fører til modning av celler og vev som utfører spesifikke funksjoner for en organisme. På den annen side er morfogenese prosessen med å utvikle forskjellige former for levende organismer. Den bestemmer formen til celler, vev, organer eller organismer.
