Hovedforskjellen mellom karbonsyklus og fosforsyklus er at karbonsyklusen er den biogeokjemiske syklusen som beskriver bevegelsen av karbon gjennom litosfæren, hydrosfæren, biosfæren og atmosfæren. I mellomtiden beskriver fosforsyklusen bevegelsen av fosfor gjennom litosfæren, hydrosfæren og biosfæren.
Karbon, nitrogen og fosfor er tre hovedelementer som er viktige for alle levende vesener. Sirkulasjon av disse elementene via biotiske og abiotiske komponenter som er tilstede i økosystemene eller miljøet er beskrevet av deres biogeokjemiske sykluser. Karbonsyklus forklarer sirkulasjonen av karbonelementer gjennom luft, jord og vann mens fosforsyklusen forklarer oppførselen til fosfor gjennom jord og levende organismer. En av de viktige forskjellene mellom karbonsyklus og fosforsyklus er at karbon hovedsakelig beveger tanken i atmosfæren mens fosfor ikke samhandler med atmosfæren.
