Hovedforskjellen mellom mitokondrier og kinetoplast er at mitokondrier er eukaryote celleorganeller som produserer energi (ATP). I mellomtiden er kinetoplast et nettverk av sirkulært DNA som er tilstede i en stor mitokondrion, spesielt i protozoer i klassen Kinetoplastea.
Eukaryote celler har forskjellige typer celleorganeller. Disse forskjellige organellene utfører forskjellige funksjoner i den levende cellen. Av disse er mitokondrier en av de membranbundne organellene sett i en eukaryot celle. De er organellene som er ansvarlige for energiproduksjon (i form av ATP) i celler. Derfor blir de betraktet som cellekraftverk. Mitokondrier har sitt eget genom, som er sirkulært DNA arvet maternelt. Kinetoplast er nettverket av sirkulært DNA sett i den store mitokondrionen til organismer som tilhører klasse Kinetoplastida. Derfor sees kinetoplaster bare i dette eukaryote underdomenet.
