Hovedforskjellen mellom mitokondrier og kloroplast er at mitokondrier er de membranbundne celleorganeller som genererer energi i de eukaryote cellene, mens kloroplast er en type eukaryotisk celleorganell som utfører fotosyntese i planter og alger.
Både mitokondrier og kloroplast er to store organeller som finnes i eukaryote celler. Faktisk er de mobilgeneratorene til eukaryote celler. Disse to organellene og symbiotiske bakteriecellene deler noen strukturelle trekk som evnen til å replikere seg selv, tilstedeværelse av sirkulært DNA og lignende ribosomer, etc. På grunn av slike likheter mener forskere at mitokondrier og kloroplast har utviklet seg fra små symbiotiske bakterier. Endosymbiose er teorien som forklarer dette fenomenet. I tillegg viser de noen strukturelle og funksjonelle likheter siden begge disse organellene deltar aktivt i energimetabolismer i eukaryote celler. Imidlertid er det en signifikant forskjell mellom mitokondrier og kloroplast basert på deres fysiologier.
