Hovedforskjellen mellom grunnleggereffekt og flaskehalseffekt er at grunnleggereffekten oppstår når en liten gruppe i en befolkning splinter fra den opprinnelige befolkningen og danner en ny, mens flaskehalseffekten oppstår når befolkningen trekker seg betydelig sammen i en mindre størrelse pga. naturkatastrofer som jordskjelv, flom og brann.
Genetisk drift er et fenomen som er mer sannsynlig å forekomme i små populasjoner og mer sannsynlig å forekomme i store populasjoner. I utgangspunktet oppstår det på grunn av tilfeldige endringer i allelfrekvenser, noe som kan føre til at noen gener forsvinner fra små populasjoner. Til slutt forårsaker genetisk drift mindre genetisk mangfold og variasjon i populasjoner. det fører også til at noen genvarianter forsvinner helt fra populasjonene. Videre kan det føre til at noen sjeldne alleler blir hyppigere enn før og til og med fikseres. Det er to typer genetisk drift som flaskehalseffekt og grunnleggereffekt. De forårsaker ekstreme reduksjoner i befolkningen.
