Hovedforskjellen mellom positiv og negativ ionisering i massespektrometri er at den positive ioniseringen danner positivt ladede ioner, mens den negative ioniseringen danner negativt ladede ioner.
Massespektrometri eller MS er en teknikk i analytisk kjemi som måler masse-til-ladnings-forholdet til ioner. Sluttresultatet av denne teknikken kommer som et massespektrum som fremstår som et intensitetsplott. Videre tegnes dette plottet som en funksjon av forholdet mellom masse og ladning. For massespektrometri er instrumentet vi bruker et massespektrometer. Når vi introduserer prøven vår i dette instrumentet, gjennomgår prøvemolekyler ionisering. Her er det veldig viktig å velge riktig ioniseringsteknikk fordi det har stor innvirkning på sluttresultatet. Hvis vi bruker en reagensgass, f.eks. Ammoniakk, vil det føre til at ionisering av prøvemolekyler danner enten bare positive ioner eller bare negative ioner, avhengig av oppsett av instrumentet.
