Hovedforskjellen mellom maksimal parsimoni og maksimal sannsynlighet avhenger av metoden som brukes til å utvikle det fylogenetiske treet. Maksimal parsimens fokuserer på å minimere de totale karaktertilstandene under fylogenetisk trekonstruksjon, mens maksimal sannsynlighet er en statistisk tilnærming for tegning av fylogenetisk tre, avhengig av sannsynligheten mellom genetiske data.
Fylogeni er den nye tilnærmingen mot klassifisering og nomenklatur for organismer. Fylogeni er avhengig av genetiske data og evolusjonære forhold. De genetiske dataene er et resultat av DNA-sekvensering. I fylogeni foregår klassifisering av organismer basert på felles forfedre. Maksimal paransimitet og maksimal sannsynlighet for et fylogenetisk forhold øker nøyaktigheten og påliteligheten til et fylogenetisk tre.
