Hovedforskjellen mellom metagenomics og metatranscriptomics er avhengig av typen biomolekyler som er studert i hvert område. Metagenomics studerer DNA, dets sekvenser og dets oppførsel i organismer, mens metatranscriptomics studerer det transkriberte DNA, hovedsakelig mRNA-sekvenser og dets oppførsel i organismer.
Metagenomics og metatranscriptomics er to felt som har oppnådd mye popularitet gjennom årene i forhold til det mikrobielle samfunnet. De er viktige innen helsevesenet, industrien og bioteknologien i landbruket. Både metagenomics og metatranscriptomics tillater studiet av individuelle organismer i et samfunn og deres funksjonelle roller som enten er gunstige eller skadelige.
