Hovedforskjellen mellom ester og eter er at den funksjonelle gruppen til en ester er –COO, mens den funksjonelle gruppen til en eter er –O-.
Ester og eter er organiske molekyler med oksygenatomer. Estere har gruppen –COO. Her er det ene oksygenatomet bundet til karbon med en dobbeltbinding, og det andre oksygen er bundet med en enkeltbinding. Siden bare tre atomer forbinder med karbonatomet, har den en trigonal plan geometri rundt seg. Videre er karbonatomet sp 2 hybridisert. Videre er en ester et karboksylsyrederivat. En eter har derimot et oksygenatom med to enkeltbindinger med to alkyl- eller arylgrupper. Oksygenatomet har også to ensomme elektronpar.
