Hovedforskjellen mellom heterokromatin og eukromatin er at heterokromatin er den høyt pakkede formen av kromatin som generelt er inaktiv, mens eukromatin er den løst pakkede formen av kromatin som generelt er aktiv.
Kromatin er strukturen som holder DNA-strengen til et kromosom. Heterochromatin og eukromatin er de to hovedtyper av kromatin som er tilstede i cellene. Det er en forskjell mellom heterokromatin og eukromatin når det gjelder struktur og funksjon. I tillegg skiller de seg også fra transkripsjons- og replikasjonsegenskapene.
