Hovedforskjellen mellom embryonale og somatiske stamceller er at de embryonale stamcellene er pluripotente udifferensierte celler som har embryonal opprinnelse, mens somatiske stamceller er multipotente udifferensierte celler som er av vev og organer.
Stamceller er udifferensierte celler som er i stand til å vokse til sanne vev eller organer. Generelt er det to hovedstamcelletyper som embryonale stamceller og voksne stamceller (somatiske stamceller). Ved differensiering kan embryonale stamceller skille seg ut i hvilken som helst type celler. I kontrast kan somatiske stamceller bare skille seg ut i flere vevsspesifikke celler. Derfor er embryonale stamceller pluripotente mens somatiske stamceller er multipotente. Med enkle ord er differensieringsevnen høy i embryonale stamceller sammenlignet med somatiske stamceller.
